Cikal Bakal berdirinya Universitas Fajar dimulai dengan didirikannya Sekolah Tinggi Ilmu Komunikasi (STIKOM) Fajar Makassar pada tahun 1996, membina program pendidikan Strata Satu (S1) dan Diploma Tiga (D3). STIKOM Fajar didirikan dilatarbelakangi oleh keinginan untuk mempersiapkan sarjana komunikasi berkualitas dan siap pakai yang akan mengisi kekosongan tenaga berkualitas di berbagai perusahaan yang tergabung dalam Fajar Group. Fajar Group sendiri merupakan perusahaan yang bergerak dalam berbagai bidang usaha seperti media cetak, media elektronik (Radio/TV), perhotelan, wisata, jasa konstruksi, transportasi dan lain-lain yang tersebar dan terbesar di luar Pulau Jawa dan tergabung dalam manajemen Jawa Pos Group.
Sukses mendirikan STIKOM Fajar, tahun-tahun berikutnya didirikan Akademi Pariwisata (Akpar) Fajar, dan Akademi Akuntansi Fajar (AAF). yang kesemuanya berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Fajar Ujungpandang. Sekitar tahun 2007 di bawah koordinasi Ketua yayasan Pendidikan Fajar, ketiga pimpinan perguruan tinggi tersebut sepakat melebur diri dalam satu perguruan tinggi yakni Universitas Fajar (UNIFA), dan pada tanggal 08-08-2008 Universitas Fajar resmi didirikan dengan Rektor Pertama Prof. Dr. Halide. Jadi ketiga perguruan tinggi inilah yang merupakan pilar utama berdirinya Universitas Fajar.