Tidak lama setelah kemerdekaan Republik Indonesia (1945), beberapa tokoh nasional yang juga adalah pemuka-pemuka Kristen Indonesia tergerak dan merasa perlu untuk mendirikan Dewan Gereja di Indonesia (DGI). Harapan tersebut baru terlaksana pada tanggal 25 Mei 1950. Di awal kegiatannya, lembaga ini juga telah memberikan perhatian yang cukup besar pada masalah pendidikan, karena ketika itu bangsa Indonesia sangat memerlukan sumber daya manusia untuk mengisi lapangan kerja dalam berbagai aspek kehidupan. Kebutuhan ini bersifat mendesak.
Pemikiran akan inginnya masyarakat Kristen Indonesia untuk turut berpartisipasi dalam dunia pendidikan, terus berkembang dalam diskusi-diskusi yang terjadi di lembaga ini. Bahkan dipikirkan pula akan perlunya mendirikan sebuah “universiteit”. Atas dasar itulah maka DGI membentuk suatu komisi yang dipimpin oleh Prof. Dr. I.P. Simandjuntak MA. Komisi ini bertugas membuat suatu studi kelayakan untuk mendirikan universitas. Hasilnya dilaporkan kepada DGI. Sebagai tindak lanjutnya, DGI mengeluarkan resolusi mengenai Universiteit Kristen pada tanggal 30 Juni 1953. Resolusi, yang ditandatangani oleh Ds. W.J. Rumambi selaku Sekretaris Umum DGI dalam Sidang lengkap DGI dari tanggal 20 s/d 30 Juni 1953, mengusulkan kepada semua gereja dan masyarakat Kristen di Indonesia untuk membantu sepenuhnya pendirian Universiteit Kristen, baik secara moril maupun materiel. Beranjak dari resolusi tersebut, maka tokoh-tokoh Kristen Indonesia, yakni Mr. Todung Sutan Gunung Mulia, Mr. Yap Thiam Hien, Benjamin Thomas Philip Sigar, atas nama gereja-gereja yang tergabung dalam DGI, mendirikan Yayasan Universitas Kristen Indonesia dihadapan notaris Raden Kadiman, dengan nomor akta 117, tertanggal 18 Juli1953. Anggota Yayasan kemudian diperbesar dengan kehadiran Elviannus Katoppo, Ong Jan Hong MD, Aminudin Pohan MD, Seri Condar Nainggolan MD, Benjamin Prawirohadmodjo, Pdt. Komarlin Tjakraatmadja, Gerrit Siwabessy MD, Tan Tek Heng, dan J.C. Simorangkir. Tiga bulan kemudian, yaitu pada tanggal 15 Oktober 1953, diresmikanlah Universitas Kristen Indonesia (UKI) yang terdiri dari (a) Fakultas Sastra dan Filsafat dengan sub-sub fakultasnya adalah Pedagogik dan Sastra, dan (b) Fakultas Ekonomi. Ketika itu, perkuliahan dan kegiatan administrasi masih berlangsung di gedung HSK, yang terletak di Jalan Diponegoro 86, dan di 3 buah flat di Jalan Salemba 10. Di dalam perjalanan pengabdiannya, didirikanlah Fakultas Hukum (1956), Fakultas Kedokteran (1962), Fakultas Teknik (1963), dan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik (1995).