Sejarah berdirinya perguruan tinggi swasta Universitas Prof. Dr. Moestopo (Beragama) tidak terlepas dari Prof. Dr. Moestopo, yang pada awalnya dimulai dengan tonggak batu pertama Yayasan Universitas Prof. Dr. Moestopo dengan dibukanya kursus tukang gigi pada tahun 1952.
Pada waktu Moestopo masih berpangkat Kolonel, ia menjabat sebagai Kepala Bagian Bedah Rahang, Rumah Sakit Angkatan Darat (sekarang RSPAD Gatot Soebroto) mengabdikan diri pada dunia pendidikan, dengan mengelola Kursus Kesehatan Gigi dr. Moestopo di rumahnya sendiri di Jalan Merak 8, Jakarta. Kursus ini berlangsung selama dua jam, sejak pukul 15.00 sampai 17.00 dengan tujuan untuk meningkatkan kemampuan dan keterampilan tukang gigi di seluruh Indonesia yang jumlahnya hampir 2.000 orang, agar dapat memenuhi kriteria minimal Ilmu Kedokteran Gigi dalam hal higienis, gizi, dan anatomi sederhana, sesuai dengan imbauan Menteri Kesehatan dalam Kongres PDGI II tahun 1952.
Pada tahun 1957, dibukalah sebuah kursus yang dinamakan ‘Kursus Tukang Gigi Intelek’. Setelah kembali dari Amerika Serikat pada tahun 1958, dia mendirikan ‘Dental College Dr. Moestopo’. Dental College ini mendapat pengakuan resmi dari Departemen Kesehatan, bahkan mendapat penghargaan dengan kunjungan Presiden Soekarno.
Selanjutnya, status dental college tersebut ditingkatkan menjadi ‘Akademi Tinggi Gigi’. Pada tahun 1960, status akademi tersebut ditingkatkan menjadi ‘Perguruan Tinggi Swasta Dental College dr. Moestopo’ (sudah bersifat akademik).
Pada tahun 1961, Perguruan Tinggi Swasta Dental College dr. Moestopo ditingkatkan menjadi Fakultas Kedokteran Gigi Prof. Dr. Moestopo, yang resmi berdiri pada tanggal 15 Februari 1961 yang juga pada saat itu didirikan Universitas Prof. Dr. Moestopo karena Fakultas tidak dapat berdiri sendiri. Pada periode tahun 1960-an, Prof. Moestopo menambahkan kata “(Beragama)” di belakang nama Universitas Prof. Dr. Moestopo sebagai tanda Universitas tidak berhaluan dengan paham komunis, dan sebagai pengejawantahan dari sila pertama Pancasila hingga kini.
Tahun 1962, Prof. Dr. Moestopo bersama ibu R.A. Soepartin Moestopo mendirikan Yayasan Universitas Prof. Dr. Moestopo atau Yayasan UPDM berdasarkan akta Notaris R. Kadiman No. 62. Untuk mendirikan Yayasan tersebut, Moestopo selaku pendiri dan ketua yayasan yang pertama menggunakan tanah pribadi dan bangunannya di Jalan Hang Lekir I No. 8, Jakarta dan sebuah mobil Opel Capitan tahun 1962 Nopol. B 311, sebagai salah satu modal pertama. Di dalam perjalanannya, Akta Notaris ini telah mengalami beberapa kali perubahan. Terakhir dengan Akta Notaris Zainal Arifin SH, No. 3/ KGS, tanggal 8 April 1996. Yayasan UPDM sebagai suatu badan sosial bertujuan melaksanakan kegiatan pengabdian kepada Pemerintah RI melalui pendidikan, kesehatan, agama, riset ilmiah, bimbingan dan penyuluhan mental.
Dalam perkembangannya, Universitas Prof.Dr.Moestopo (Beragama) pernah memiliki enam fakultas, yaitu: Kedokteran Gigi, Kedokteran, Sosial Politik jurusan Administrasi Negara, Ekonomi jurusan Ekonomi Perusahaan, Pertanian dan Publisistik. Namun Fakultas Pertanian tidak dapat diselenggarakan karena tidak ada peminat. Demikian pula pada tahun 1971 Fakultas Kedokteran, karena tidak memiliki Teaching Hospital, terpaksa ditutup. Pada tahun 1980, Fakultas Publisistik berganti nama menjadi Fakultas Komunikasi.
Pada tanggal 29 September 1986, Prof. Dr. Moestopo wafat dan yayasan UPDM pun oleh putra sulungnya, yaitu drg. J. M. Joesoef Moestopo sebagai ketua yayasan.
Kini, Universitas Prof. Dr. Moestopo (Beragama) memiliki lima Fakultas dan tiga program Pascasarjana, serta Rumah Sakit Gigi dan Mulut.
Dalam bidang sarana dan prasarana, sejak tahun 1976 berturut-turut dibangun gedung Berdikari, gedung Merah Putih, gedung Gotong Royong, gedung Harapan, dan gedung Perdamaian, lengkap dengan peralatan dan penyempurnaannya di Jl. Hang Lekir I/8, Jakarta Pusat. Terakhir dibangun Kampus Bintaro III di Jl. Bintaro Permai no 3, Jakarta Selatan, yang diberi nama ‘Graha R.A. Soepartien Moestopo’.
Perkembangan selanjutnya Yayasan Universitas Prof. Dr. Moestopo mendirikan Sekolah Menengah Kejuruan Kesehatan Prof. Dr. Moestopo di Bogor pada tahun 2014 dengan dua program studi Analisis Kesehatan atau Teknologi Laboratorium Medik dan Farmasi.